بيماري ام اس(MS) يکی از بيماری های خودايمني بوده که به دليل فاکتورهای متعددی از قبيل محيط، ژنتيک و عوامل ايجاد کننده عفونت، در سيستم عصبی انسان باعث ايجاد التهاب و تخريب غلاف سلولهای ميلين آن می گردد. از عوامل عفونت زا مي توان به ميکروارگانيسم هايی از قبيل باکتري ها و ويروس ها اشاره کرد که در طي سالها مطالعات مختلفی روی آن انجام شده و ارتباط آنها را در ايجاد و يا افزايش شدت بيماری ام اس مشخص کرده است. در این راستا علم بيوانفورماتيک و ابزارهای آن رويکردی جديد در مطالعات مختلف علوم زيستی، پزشکی ايجاد کرده و استفاده از آن براي شناخت ماکرومولکول ها از قبيل پروتئين ها بسيار مورد توجه بوده وکاربردی است.
در اين پژوهش که در قالب پایان نامه کارشناسی ارشد علی بیگدلی در رشته بیوفیزیک صورت پذیرفت سعي شده تا پروتئين های مختلفی از ميکروارگانيسم ها با روش هاي بيوانفورماتيکی بررسي شود و ارتباط توالی، ساختاری و فضايی آنها با پروتئين های اصلی در سيستم عصبي از قبيل پروتئين اصلي ميلين و ميلين اليگودندروسيت گليکوپروتئين مورد بررسی قرار گیرد. اختلال در ساختار دو پروتئين ذکر شده باعث ايجاد بيماری ام اس می گردد. باتوجه به محدوديت های ساختارهای فضايی پروتئين ها و نبودن ساختار کامل از آنها در پايگاه های داده، دسته بندي مطالعه در دو حالت صورت گرفت:1. بررسي و آناليز هم زمان ساختار و توالي پروتئين و 2. بررسي از طريق منحصرا شباهت های توالی بين پروتئين ها.
نتايج حاصل از اين بررسی ها نشان از ارتباطات متعدد بين ويروس ها، باکتری ها، قارچ ها بوده و در مواردی ارتباط هم زمان بين دو ميکروارگانيسم و چند پروتئين از آنها باعث ايجاد پاسخ های التهابی و ايجاد بيماری ام اس می گردد. شباهت توالی در چندين مورد از آناليزها بين ميکروارگانيسم ها و قدرت ايمنی زايی در موتيف هايی خاص از آنان اين نکته را متذکر می شود که ابتلا و يا ورود اين ميکروارگانيسم ها به بدن امکان ابتلا به بيماری ام اس را
بيشتر کرده وعفونت های نهفته ناشی از اين ميکروارگانيسم ها باعث به اشتباه افتادن سيستم ايمني مي گردد.
نتايج پژوهش، وجود گونه هايی از قارچ ها را نشان می دهد که با قابليت بالا سلولهای ايمنی که مرتبط به بيماری ام اس  می باشند را درگير مي کنند. تشابه توالی در ساختارهای باکتريايی به دست امده درنتايج، به طور خاص در فلور روده نشان می دهد، دسته ای از باکتری هايی که در متابوليسم های بدن انسان نقش واسطه را اجرا مي کنند و به پيشبرد فعاليتهای طبيعی کمک مي کنند، در پيرامون جايگاه فعال آنزيم خود نواحی مشترک و حفاظت شده با موتيف هايی خاص از پروتئين های مرتبط با ميلين دارند. باتوجه به جايگاه اين موتيف ها و فعاليت القا کنندگی خودايمنی در سيستم عصبی توسط آنان، نواحی مشابه باکتريايی بسيار مورد توجه هستند و در صورت خارج شدن از محل استقرار آنها در روده امکان فعال سازی سيستم ايمنی عليه خود بدن افزايش يافته و بيماری ايجاد می گردد. با توجه به بررسی تمامی موارد به دست آمده از نتايج آمينواسيدهای آرژينين و پرولين در توالی های مشابه با يکديگر توانايی درگيرکردن سيستم ايمنی و امکان ايجاد خودايمنی را دارند.
گفتنی است این پژوهش در قالب پایان نامه کارشناسی ارشد علی بیگدلی و با راهنمایی دکتر سید شهریار عرب عضو هیأت علمی دانشکده علوم زیستی دانشگاه انجام شد.